关键词：新型冠状病毒；基因序列；来源；Hanson解读穿山甲的冠状病毒序列终于被公布，SARS-CoV-2的来源有了重大突破，也回答了很多的无端猜疑和传言。暗战：谁阻止了正在美国掀起风暴的“人造病毒”阴谋论？
专门从事病毒研究的王宇歌博士第一时间做了解读，一起看这篇非常关键且严谨的研究论文。
我上周说很希望看到穿山甲所携带的病毒基因组及S蛋白结构。现在这两个研究数据终于都公布了。
除了我已经评价的McLellan组今天上线的Science的S蛋白结构文章（见【突破】新冠病毒关键蛋白结构被解析，与ACE2亲和力竟是SARS病毒10到20倍）；今天bioRxiv上传了汕头大学-香港大学联合病毒学研究所的preprint文章，报道了在马来西亚穿山甲（Manis javanica）中冠状病毒的鉴定结果，论文题目是“Identification of 2019-nCoV related coronaviruses in Malayan pangolins in southern China”。这个研究来自管轶组，采样广西和广东海关在2017年至2019年3月截获的非法贩运的马来西亚穿山甲，所以结果非常客观，它全面回答了病毒来源的诸多猜想。该研究应用了最新的宏基因组技术，发现穿山甲中的2个冠状病毒亚型与SARS-CoV-2十分相似，其中一个亚型和SARS-CoV-2共有RBD的5个氨基酸残基。
研究首先检测了2017年8月至2018年1月从18个马来西亚穿山甲（Manis javanica）中收集的冷冻组织（肺，肠，血液）样品。
令人惊讶的是，其RNA-seq显示43个样本中的6个中存在冠状病毒，分别是2个肺组织样品，2个肠道样品，1个肺肠混合物样品，1个血液样品。（可以看出冠状病毒容易侵袭的部位。编辑注）研究获得6个完整或接近完整的病毒基因组序列—GX/P1E，GX/P2V，GX/P3B，GX/P4L，GX/P5E和GX/P5L，在进化分析中，发现其与SARS-CoV-2亲缘性很近。这些病毒基因组结构与SARS-CoV-2类似，具有9个开放阅读框。研究进一步应用Vero-E6培养系统分离出了病毒。由于这一实验体系的建立，研究设计出了相关PCR引物，进一步鉴定了2018年5月至7月之间收集的另一批穿山甲样品，在从12只穿山甲中测试的19个样品（9个肠道样品，10个肺组织样品）中，发现3个肺组织样品冠状病毒呈阳性（除了来自广西的动物外，在COVID-19疫情爆发后，广州海关技术中心重新检查了他们在以前的截获的5个储存的穿山甲样品）。 这些新的穿山甲冠状病毒基因组与SARS-CoV-2有约85.5％至92.4％的基因序列同源性。它们形成了两个进化分支（亚型），其中之一（GD/P1L和GDP2S）与SARS-CoV-2密切相关。十分重要的发现是，研究判断穿山甲冠状病毒与著名的蝙蝠冠状病毒RaTG13及SARS-CoV-2三者之间可能发生了重组。SARS-CoV-2与广东发现的穿山甲冠状病毒S蛋白的受体结合结合域（RBD）具有97.4%氨基酸序列同源性；而RaTG13与SARS-CoV-2的RBD只有89.2%的氨基酸序列同源性。更重要的是，广东穿山甲冠状病毒和SARS-CoV-2在RBD的5个关键残基上具有相同的氨基酸残基，而RaTG13仅与SARS-CoV-2共享1个氨基酸。这可以参见McLellan组S蛋白结构文章（见新冠病毒关键蛋白结构被解析）。穿山甲是除蝙蝠以外唯一被SARS-CoV-2同类冠状病毒感染的哺乳动物，本研究在穿山甲中发现了2个相关的冠状病毒亚型都与SARS-CoV-2高度同源。这表明这些哺乳动物可能是此类冠状病毒的长期宿主，但也不能排除穿山甲的冠状病毒直接来源于蝙蝠。
从东南亚到广西和广东的这条非法野生动物的贩运途径，可能是很多相关病毒传染病的真正来源。因此这一研究提示处理这些动物需要相当谨慎，应严格禁止在市场中出售它们。
本研究的意义
本研究结果，填上了新冠病毒来源拼图中的最关键一片，对于新冠病毒的清除及疾病的预防具有关键作用。另外，广东穿山甲冠状病毒的RBD与SARS-CoV-2之间的氨基酸高度相似性，提示可能是由于自然选择介导的趋同进化、而不是实验室重组引起的。
管轶的研究对疫情防控为什么重要？
我们从管轶教授在SARS研究中的贡献，就可以更好地理解这次研究的意义。
2003年，管轶团队率先分离出SARS病毒，并证实了果子狸是SARS的中间宿主，也是人类感染SARS的直接来源，之后他和钟南山院士一起上报，广东开始清除市场上的果子狸，有效遏制了SARS疫情的扩散。
2003年底，广东再次出现SARS疑似病例，管轶再次率先完成测序，结果证实为SARS。管轶排除了重重障碍，并请钟南山院士给广东省高层领导打电话，陈述事情的严重性。广东迅速动员，再次清剿果子狸，此次行动中发现了5例SARS患者；但由于迅速采取了行动，SARS并没有造成广泛传染，以至于很多人都不知道这段历史。管轶作为吹哨人，让国内成功避免了2004年SARS的再次爆发，功不可没。
https://doi.org/10.1101/2020.02.13.945485
王宇歌博士，一直从事病毒研究。目前在美国从事针对HIV感染的新药研发。
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